Резидентураның білім беру бағдарламалары тиісті мамандықтар бойынша оқытудың клиникалық бағыттылығы мен тереңдетілген мамандандырылған дайындықты көздейді.

Резидентураның білім беру бағдарламаларын меңгеруге ынталы тұлғалардың алдыңғы білім деңгейі - базалық медициналық білім, жоғары медициналық білім, интернатура.

Резидентураның оқу бағдарламаларын игеру мерзімі мамандық пен алдыңғы даярлық деңгейіне байланысты 2 жылдан 4 жылға дейін болады. 

Резидентура тыңдаушыларын даярлау ҚР ДСМ 2008 жылғы 30 қаңтардағы №27 бұйрығымен және резидентураның МБС-2009, МБС-2015 бекітілген Резидентурада даярлаудың клиникалық мамандықтар тізбесіне сәйкес 9 клиникалық мамандықтар бойынша жүзеге асырылады.

Жоғарғы оқу орнынан кейінгі кәсіби білім келесі клиникалық мамандықтар бойынша жүзеге асырылады :
   6R110300 кардиология, соның ішінде балалар кардиологиясы
   6R110900 эндокринология, соның ішінде балалар эндокринологиясы
   6R110600 гастроэнтерология, соның ішінде балалар гастроэнтерологиясы
   6R110500 аллергология және иммунология, соның ішінде балалар аллергологиясы мен иммунологиясы
   6R110700 гематология
   6R111000 нефрология, соның ішінде балалар нефрологиясы
   6R112200 клиникалық-зертханалық диагностика
   6R111800 медициналық реабилитология, соның ішінде балалар медициналық реабилитологиясы
   6R112600 анестезиология және реаниматология, соның ішінде балалар анестезиологиясы мен реаниматологиясы

Резидентура тыңдаушыларын даярлау келесі құжаттарға сай жүргізіледі:

   - Қазақстан Республикасы Индустрия және сауда министрлігінің Техникалық реттеу және метрология жөніндегі комитеттің 2009 жылғы 20 наурыздағы №131-од бұйрығымен бекітілген Қазақстан Республикасының жоғарғы және жоғарғы оқу орнынан кейінгі мамандықтар классификаторы; 

 - салалық біліктілік шеңбері;

 - Резидентураның Мемлекеттік жалпыға міндетті стандарты, үлгілік білім беру бағдарламасы мен резидентура мамандықтарының үлгілік оқу жоспарлары; 

 - оқу жұмысының жоспарлары;
 - академиялық күнтізбе;
 - жеке жұмыс жоспары;

Резидентурада оқыту күндізгі бөлім бойынша жүзеге асырылады.
Резидентураның білім беру бағдарламасын меңгерген тұлғаларға тиісті мамандық бойынша біліктілік тағаындау туралы мемлекеттік үлгідегі құжат беріледі.