2006 жылы Рүстем Мұхтарұлы Новосібір мемлекеттік медициналық университетінің емдеу факультетін (Ресей), 2007 жылы Новосібір облыстық клиникалық аурухана базасында «жалпы хирургия» мамандығы бойынша интернатураны үздік аяқтады. 2007 жылдан 2009 жылға дейін Новосібірде академик Е.Мешалкин атындағы Қанайналым патологиясы ҒЗИ базасында «Кардиохирургия» мамандығы бойынша клиникалық ординатурада білім алды. 2009 жылдан 2015 жылға дейін Жаңа хирургиялық технологиялар орталығының жүре пайда болған жүрек ақауы және биотехнологиялар бөлімшесінде, Е.Мешалкин атындағы Қанайналым патологиясы ҒЗИ кардиохирург дәрігер болып жұмыс істеді.
2012 жылдан 2013 жылға дейін International Heart School (Бергамо қ., Италия) бағдарламасы бойынша тағылымдамадан өтті. 2013 жылы Милан университетінде «Кардиохирургия, кардиология және кардиоанестезиология» мамандығы бойынша магистрлік диссертация қорғады.
2015 жылдан 2019 жылға дейін Алматы қаласындағы А.Сызғанов атындағы Ұлттық ғылыми хирургия орталығында кардиохирургия және жүрек трансплантациясы бөлімшесінің меңгерушісі болып қызмет жасады.
2019 жылы Қоғамдық денсаулық сақтау жоғары мектебінде денсаулық сақтау ұйымдарындағы МВА магистратурасын аяқтады. Рүстем Мұхтарұлы 30-дан астам ғылыми, оның ішінде шетелдік журналдардағы басылымдардың авторы.
Бүгінде, Кардиология және ішкі аурулар ҒЗИ 2019 жылдан бері Рүстем Мұхтарұлы басқаратын кардиохирургиялық бөлімшесінде жүрек патологиясы бар пациенттерге жоғары технологиялық медициналық қызметтердің барлық спектрі көрсетіледі. Бірегей тәжірибесі бар бөлімше гипертрофиялық кардиомиопатия, үйлескен патологияларды (жүрек ырғағының бұзылысы және жүрек ақауы) емдеудің сараптама орталығы болып табылады.
Ол 2020 жылы жұмысында қол жеткізген көрсеткіштері үшін клиниканың ең үздік маманы аталды.